卵巢囊肿如何才能根治，需要看卵巢囊肿的性质。

如果是良性的囊肿，把该侧的卵巢切除以后就可以达到根治的目的，但是对于年轻的女性，因为切除卵巢以后可能会影响生育功能，不建议切除卵巢。对于绝经后的女性，良性的卵巢囊肿可以切除双侧的卵巢、输卵管及子宫，可以达到根治的目的。

如果卵巢囊肿是恶性，即使把双侧卵巢都切除也不能达到根治的目的，还需要切除双侧的输卵管、子宫，必要的时候还要做盆腔淋巴结的清扫，切除大网膜及阑尾，术后还需要辅助化疗。