肝包虫病的患者在临床的药物治疗过程中，主要是以缓解肝区的疼痛，保护肝脏，预防和治疗感染，以及驱虫为主要目的。

临床上应用最多的驱虫药物为吡喹酮片。如果患者出现了肝区的胀痛，可以服用洛索洛芬钠、氨酚羟酮酮、肌肉注射曲马多，6542等。

如果检查发现了肝功的损害，可以应用甘草酸二胺、护肝片、乙肝草酸酶等药物保护肝脏。一般情况下，是不主张主动应用抗生素的，但是如果患者出现了感染症状，则需要选用合适的抗生素进行治疗。除此之外，肝包虫病的患者还要养成良好的饮食卫生习惯。