同房后尿道疼痛的原因可能为细菌感染。如果在同房前后没有注意生理卫生，很容易导致尿道外口的周围产生细菌，常见于金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等。病原菌容易侵入患者的尿道，并不断对尿道黏膜形成刺激，就会出现尿道疼痛。

如果是女性同房后产生尿道疼痛，多考虑可能是女性的尿道外口距离阴道较近，同房过程当中如果长时间受到过度摩擦，就容易产生尿道疼痛。

如果是男性同房后尿道疼痛，多考虑可能是本身存在包茎、包皮过长，或包皮口较紧的情况，也容易因同房时摩擦刺激，造成同房后尿道口或包皮疼痛。