临床上并没有发现胆结石的遗传基因，因此是否会遗传争论很大，但通过大量的研究结果表明，胆结石具有明显的家族聚集性，这可能与遗传因素有关，目前来看关系更大的是家族中的行为和饮食习惯等。

目前发现造成胆结石的病因，除先天性的胆管狭窄，可造成胆汁淤积形成结石外，最常见的临床诱因是感染，主要是消化道的逆行感染，肝脓肿和胰腺炎也可以诱发。

除此之外，地域因素、性别因素、个体差异、过于肥胖、缺乏运动、爱抽烟喝酒、暴饮暴食、喜欢油腻的食物、爱吃油炸食品等，都是胆结石发病的高危因素。