怀孕三个月不可能检查出胎儿生化的。生化妊娠是指在最早期的受精卵着床，B超还没有检查到孕囊的出现就已经生化掉了，然后就正常来月经了。

怀孕三个月胎儿不发育了就是胚胎停育，需要尽早的做清宫手术的。这个大多不是阴道炎导致的，大多是属于胚胎自身的质量不好，比如染色体突变的问题，也有的是有支原体感染或者衣原体感染的问题。

也有的和母体因素有关，比如有的是有血栓前状态或者免疫功能异常，或者有的人有血糖高情况，也常常会影响胚胎发育。