颅底陷入症的发病机制主要是由于先天性发育畸形，导致枕骨大孔周围的颅底结构向颅内陷入，枢椎齿状突高出正常水平，甚至突入枕骨大孔，枕骨大孔的前后径缩短和颅后窝狭小，从而引起延髓受压和局部神经受到牵拉。

对于该疾病的治疗，如果x线检查考虑颅底陷入症，没有临床症状，可以暂不进行手术，但应该提醒患者注意避免外伤。如果已经出现了明显的临床症状，需要及早进行手术治疗。