小肚子两侧疼痛的原因，一般包括以下几种情况：

1.尤其是女性患者，有可能是由于子宫、附件、卵巢等引起的一些炎症类疾病，包括输卵管炎、急性慢性盆腔炎等，这些是常见引起女性小腹部疼痛的主要原因。

2.也可能是由于膀胱炎、泌尿系统感染引起。由于出现泌尿系感染，往往出现尿频、尿急、小腹部坠胀等一系列的症状，有时还伴有明显的血尿。

3.也有可能是由于腰椎、骶尾椎出现的一些间盘突出压迫神经，导致的症状，出现两侧小肚子疼痛，并伴有下肢活动受限、麻木等症状。

以上这三种情况是临床当中小肚子两侧疼痛的主要原因。