甲状腺微粒体抗体很高，具体的治疗方法需要根据病因、甲状腺功能等进行综合治疗。

如果由于桥本氏甲状腺炎引起的甲状腺微粒体抗体升高，没有出现甲状腺功能减退情况时，一般不需要进行特殊治疗。但在饮食上，需要注意不能吃含碘量高的食物。伴有甲状腺功能减退情况时，需要在医生的指导下，使用药物维持甲状腺功能在正常值范围内。

如果是由于自身性免疫性疾病导致的甲状腺微粒体抗体很高，比如：系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、重症肌无力等。要先积极治疗原发性疾病，原发性疾病得到控制以后，所出现的并发症也会相应缓解。