卵巢囊肿手术之后，有少数人是会影响到生育的。毕竟卵巢囊肿本身就有可能会存在卵巢组织受损的问题，尤其是手术的创伤，也会不同程度的对卵巢功能造成损害。

如果是巧克力囊肿的情况，无论是否手术，也都是有可能会对卵巢功能和排卵情况造成影响的。因为卵巢巧克力囊肿，虽然是属于良性肿瘤，但是它是会有恶性行为的，即使是手术之后，也是有可能会存在复发的问题，继续影响卵巢的功能，继续导致排卵障碍，随着时间的推移，导致不孕症发生的几率会越来越高。