卡氏肺囊虫病是很难治好的。因为导致卡氏肺囊虫病主要原因是免疫力低下或者存在免疫力缺陷的人群，还有艾滋病、器官移植的人群也是导致卡氏肺囊虫病的主要发病人群，而正常人群是很少感染此病的。

所以一旦出现了卡氏肺囊虫病，很难通过治疗彻底达到临床治愈，因为疾病会随时反复。

但也建议这类患者要积极地抗感染治疗，因为该疾病死亡风险比较高，可以随时由于感染加重而导致患者临床死亡。对于易感人群、高危人群可以使用药物控制、预防。