部分睑板腺囊肿有可能会自愈，也有部分睑板腺囊肿不会自愈，具体还要根据囊肿的大小、病症表现、干预措施等综合情况分析。

如果患者自身体质好、抵抗力强，而病情相对较轻、囊肿偏小，给予适当的热敷等物理辅助方式，则有可能会自行吸收。

而如果囊肿缓慢增长，给予热敷、雾化、眼药水点眼等多种治疗干预后，囊肿可能仍然不会消减，甚至会有破脓的情况，这时候一般不会自愈，需考虑手术切除，破除囊壁，引流干净，术后给予抗生素类眼药水预防感染。