小便时肛门流血，一般是患有内痔或者肛裂。

小便时会使腹部压力增高，同时也会增加肛门直肠处的压力，引起肛门直肠处的静脉扩张，再加上内痔本身表面黏膜有糜烂和破溃，会引起出血。肛裂在肛管内会有裂口和溃疡面，小便时也会使裂口内的血管扩张，会引起出血。痔疮和肛裂可外用痔疮膏，用痔疮栓纳肛，进行肛门熏洗坐浴等对症治疗。

小便时肛门会流血，也可能是患了直肠癌，肿瘤处表面出现糜烂和破溃，小便时用力排尿也会出现流血。

所以，小便时肛门流血要及时到医院肛肠科就诊，进行肛门局部检查和肛门镜检查，必要时做肠镜检查。