夜里肛门疼痛痛醒了可能是肛周脓肿、痔疮发作、陈旧性肛裂等原因引起的：

1.肛周脓肿。该病属于化脓性的炎性疾病，主要表现为肛门有肿大的脓包，脓包比较大，局部的张力增高从而导致肛门局部疼痛剧烈。晚上睡觉被痛醒，触摸有波动感，甚至会引起发烧、寒战等症状。

2.痔疮比较严重时，特别形成血栓或者嵌顿，会导致肛门局部疼痛剧烈，也可导致晚上睡觉时痛醒，可能伴有肛门坠胀、肛门潮湿等症状。

3.陈旧性肛裂。因为病程比较长，裂口局部出现发炎，炎性介质会刺激肛门括约肌收缩疼痛。