三个月婴儿流清鼻涕，考虑有两方面的原因，可能是因为感冒，也可能是因为过敏，这两种情况下都不能打预防针。

1.婴儿感冒的时候，大多数由于病毒引起的上呼吸道感染，而疫苗大多是灭活或者减毒的病原微生物，接种后必然会引起一些不良反应，会使疫苗作用下降，应当等婴儿感冒的症状好转了之后再接种疫苗。

2.过敏。如果婴儿由于过敏的缘故流鼻涕，也不能打疫苗。此时如果接种疫苗，会加重婴儿的过敏反应和排异反应，可能会引起严重的后果。