肛瘘的瘘管穿行于肛周肌肉和软组织之间。因长时间慢性炎症的刺激，会形成比较硬纤维化索条。通过触诊的方式就可初步诊断是否是低位肛瘘。

触诊的方式有两种，肛外触诊及肛内触诊。肛外触诊时，将食指充分润滑后，沿着外口向肛缘的方向触摸。如果轻轻按压就可触及明显索条状物，说明瘘管位置表浅，就是低位肛瘘。

如果需要重按才能隐约摸到索条状物，甚至是摸不到，这种情况说明瘘管的位置较深。可用食指插入肛门，拇指在外面，用拇指和食指夹住外口组织进行双合诊，即可发现较深的条索状物，这就属于高位肛瘘。