宫外孕手术有可能会有后遗症。比如会发生局部粘连，慢性腹痛以及再发生宫外孕的风险，和不孕不育发病率增高的后遗症。

宫外孕手术导致后遗症，不同的表现，跟手术方式有一定关系。如果选择的是开窗取胚术，宫外孕这一侧输卵管已经是疤痕状态，不具备输送受精卵的能力，或者受精卵形成之后还会种植，在疤痕位置发生宫外孕，导致不孕不育和宫外孕几率均增加。

若手术方式选择是，患侧输卵管切除术，这一侧输卵管就完全丧失生育能力，等于孕妇降低一半生育机会，这也是宫外孕手术的一种后遗症。