头孢和阿莫西林的主要区别在于抗生素的药物类型不同。

头孢属于头孢菌素类的抗生素，其又分为多代，比如有一代头孢、二代头孢、三代头孢等。而且不同的头孢菌素药物，其抗菌谱范围也有所不同。一代头孢主要针对革兰氏阳性菌的抗菌作用显著，但对革兰氏阴性菌的作用较低。二代头孢相对对革兰氏阴性菌和阳性菌均有不同程度的杀菌作用。而三代头孢主要针对革兰氏阴性菌，但对革兰氏阳性菌的杀菌作用相对较弱。

阿莫西林属于青霉素类的抗生素，其对大多数的革兰氏阳性菌和阴性菌均有抗菌作用。