男性支原体感染的临床症状主要取决于感染的部位。但支原体感染呼吸系统时可以出现支原体的肺炎，患者多有不同程度的发热，一般体温多在38度左右，个别患者可以达到39度的高温。另外，患者多有明显的咳嗽，其咳嗽多为剧烈的干咳痰少，偶有少许白粘痰，部分咳嗽明显的患者可以出现轻度的胸闷感。当然，有时还可以出现腹痛、腹泻、四肢关节酸痛、全身的酸软乏力等不适。

部分患者还可以继发肺外的多系统受累的症状，例如心包炎、溶血性的贫血、脑膜脑炎、外周神经系统病变等。如果是感染泌尿系统，则可以形成支原体尿路感染，患者多可以有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激征，还可以出现尿道口少量稀薄的分泌物，部分患者可能无明显的临床症状。