碳酸氢钠是抗酸药，长期服用这个药物的副作用，有可能会引起继发性的胃酸分泌增加，还有可能导致碱中毒，甚至也有发生胃穿孔的风险。

长期应用碳酸氢钠，还易引起食欲减退、恶心、呕吐、体虚疲倦，出现尿急、尿频，以及持续性头痛等多种副作用。而且也可引起碱中毒的一些症状，比如口内异味、出现水肿、肌肉疼痛等。

因此，使用本药物患者，不要擅自长期或者大量应用。如果因病情需要使用较长疗程时，一定要在专业的医师或药师的正确指导下应用。