唇腭裂存在一定的遗传因素，大部分常见于在胚胎发育时期，特别是怀孕期3个月。

唇腭裂有时是多基因遗传，可能是同一旁系亲属或直系亲属存在类似畸形。此外，除了遗传因素以外，唇腭裂还有可能和营养因素等存在一定的关系。一旦女性在怀孕期间出现了缺乏维生素的情况，也可能会造成胎儿唇腭裂。

同时，唇腭裂还有可能和药物因素以及烟酒不良嗜好有关系。如果女性在怀孕期间吃了某些药物，或者存在吸烟以及酗酒等行为，都会造成胎儿可能出现唇腭裂现象。