诊断结膜炎一般根据眼部的一些症状和分泌物，就可以诊断结膜炎可以分为细菌性的病毒性的和真菌性。如果不能确诊，可以进行结膜刮片或结膜囊分泌物培养。

结膜刮片，如果以中性粒细胞的浸润为主，常提示细菌或衣原体感染。如单核细胞增多或出现多核巨细胞，可能是病毒性感染。如上皮细胞胞浆内有包涵体，并有淋巴细胞、浆细胞，则提示衣原体感染。

结膜的细菌学检查、分泌物的细菌培养和药敏试验。