新生儿肺炎分为早发型和晚发型，两者的主要致病菌都为细菌。

早发型肺炎通常从母亲获得，如在宫内、出生时或出生后吸入感染的羊膜液或产道内的病菌，母体内的致病菌经过胎盘传播给胎儿。

而晚发型肺炎通常是在住院时接触感染者和污染的器械所得，特定的危险因素增大了新生儿肺炎的几率，胎膜破裂时间过久、母体羊膜炎、早产、胎儿心动过速、母体孕期发热等危险因素都可以使新生儿早期患上肺炎。

呼吸机的使用则与晚发肺炎有关，其它危险因素还包括婴儿气道发育异常、存在严重的疾病、住院时间过长、神经发育异常、胃内容物误吸等。