鳃裂瘘管在治疗期间，如果需要服用药物，通常是选择青霉素、头孢菌素等抗生素类型的药物。此类药物的应用目的，主要是达到控制鳃裂瘘管部位的炎症感染，预防手术治疗后可能存在的感染的情况。具体抗生素类药物的使用，可根据药敏试验的结果来判断。

但是，对于不存在有炎症感染的鳃裂瘘管，则考虑治疗期间不需要特殊服用药物。因为鳃裂瘘管主要的治疗手段，仍然是以手术的切除治疗为主。单纯通过使用药物，病情不可能痊愈。