生殖器念珠菌病的治疗，以局部治疗为主。最常使用的就是2%到3%的苏打液。冲洗外阴和阴道或者是使用洁尔阴妇炎洁等这些也可以。冲洗干净以后，将克霉唑栓或者是制霉菌素胶囊。也可以使用硝呋太尔片。放入阴道深处，一般是每天晚上一次。一般用药7到10天时间。

另外就是口服制霉菌素或者是硝呋太尔片。一般口服药，也需要用7天到10天时间。在用药治疗期间，不要有性生活。另外男性需要同时用药，可以起到预防复发的作用。