三岁的女宝宝小便疼可能是泌尿系统感染、泌尿系统结石等原因。

泌尿系统发生感染，例如急性尿道炎会导致尿道黏膜受损导致充血、糜烂，引起小便的时候疼痛，伴有尿频、尿急等尿路刺激征。存在泌尿系统结石，比如尿道结石、膀胱结石，结石在下移过程中划破泌尿道的黏膜，小便排出时刺激受损的部位引起小便刺痛，伴有排血尿。

排除上述两种原因，也考虑与外阴炎有关，由于女宝宝的外阴与尿道口部位比较近。如果外阴的炎症累及尿道可以导致尿道红肿、疼痛，排尿时会有刺痛感。