癌症等疾病会导致口腔溃疡的发生。而与癌症相关的抗肿瘤治疗，同样可以引发口腔溃疡的副作用。

发生于口腔内的癌症疾病，癌细胞极易侵袭到口腔黏膜，导致溃疡病灶的形成。并且这种口腔溃疡反复发作，药物治疗效果差。而与癌症治疗相关的放疗、化疗、靶向等治疗措施，可以导致口腔黏膜损伤，发生黏膜炎。例如氟尿嘧啶、卡培他滨等化疗药物可以产生黏膜炎。

索拉非尼、厄洛替尼等靶向药物也会导致黏膜炎发生。头颈部肿瘤的放疗等抗癌治疗，可以使唾液腺等分泌减少，癌症患者口腔内的自净能力减弱，会导致感染发生。以上都会引发口腔溃疡。