眼睑囊肿是一种睑板腺的慢性炎症肉芽肿，是在睑板腺排出管的管道上阻塞和脂性分泌物潴留的基础上而形成的。

眼睑脓肿，由葡萄球菌感染所致，多因外伤感染或继眼眶骨膜炎和骨髓炎引起。以眼睑显著红肿，触之有硬结，继则硬结变软，形成脓肿为临床特点。属中医眼痈范畴，多因风热火毒外侵所致。

两者主要的区别是一个急性感染，一个形成囊肿等表现，一般很好区别，需要到医院检查一下，治疗方向也是有所不同的。明确诊断以后，根据情况选择治疗的方法，保持良好生活习惯，注意休息。