精子畸形率高的治疗在临床上主要对应对症选择治疗方法，比如精索静脉曲张引起的精子畸形率高，可以通过微创手术来治疗。通过手术后，精索静脉的血液循环改善后，不再影响到睾丸的生精功能，睾丸产生的精子正常，精致的畸形率也就恢复到了正常。

如果是长时间酗酒或者长时间熬夜或者接触一些有毒物质，还有一些男性长时间服用一些药物，都可影响到精子的畸形率。

可以改善生活习惯，戒烟戒酒，避免熬夜或者停止服用药物，精子畸形率也都可以得到改善。