新生儿持续性肺动脉高压是有可能会有后遗症的。

首先，新生儿持续性肺动脉高压就容易导致右心负担增加，就容易出现右心衰竭。

其次，新生儿持续性肺动脉高压会导致长期慢性缺氧以及缺血的情况存在，不利于疾病的恢复。

最后，容易导致血栓的形成，从而导致脑梗塞或者是心肌梗塞的可能。新生儿持续性肺动脉高压主要是出现明显的呼吸困难、发绀，还会导致生长发育的哭闹，反复感染的发生。建议定期复查心脏超声，必要时及时进行手术治疗。