衣原体感染人体不同的部位可出现不同的临床表现。

衣原体可导致患者发生呼吸道感染，发生呼吸道感染的患者可出现发热的症状，同时可伴有干咳，病情严重的患者可出现呼吸困难。衣原体可侵犯眼结膜导致患者发生结膜炎，患者可表现为眼结膜充血，伴有流泪的症状。

衣原体还可导致患者发生泌尿系感染，可导致患者发生尿道炎的症状，表现为尿急、尿痛等。女性患者还可发生生殖系统的感染，可表现为腹痛的症状。