卵巢巧克力囊肿绝大部分吃中药是不能消除的，在临床上只能缓解相应的症状。

比如会使痛经的症状有所减轻，但是并不能使囊肿彻底消失，所以对于巧克力囊肿在临床上首选的治疗方法还是考虑接受手术给予治疗。这种手术可以选择开腹手术，也可以选择腹腔镜手术，都能达到比较好的治疗效果。

在术后由于这种囊肿会出现复发的现象，所以要继续用药3~6个月左右的时间，主要的目的是预防复发，并且在术后要定期地给予检查。目前临床上在手术之后，可以考虑宫内上高效孕激素的节育环，也能预防复发的可能性。所以，根据病人的意愿、根据具体的情况，选择术后预防复发的方法。