卵巢囊肿是否会影响怀孕，要看卵巢囊肿的性质，卵巢囊肿有不同的种类。常见的有卵巢的生理性囊肿，一般发生在月经后半期，黄体形成之后形成的生理性的黄体囊肿。生理性囊肿一般不会影响怀孕，在下次月经干净之后，或者经过2到3个周期的复查，囊肿大多数会自行消失。

卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种表现形式，是可能会影响怀孕的。由于子宫内膜异位症，在多个因素的基础上，都会影响受孕，包括盆腔的粘连、盆腔内前列腺素水平的升高等等，都可能会影响受孕。

卵巢囊肿还可能会影响卵巢功能，使得排卵障碍。因此，子宫内膜异位囊肿是有可能会影响怀孕的。