咳嗽时喉咙很痛，首先，有可能是急性上呼吸道感染引起来的。包括病毒性上呼吸道感染、细菌性上呼吸道感染，都有可能引起咳嗽、喉咙痛的现象。

其次，也有可能是胃食管反流性咳嗽，胃食管反流不仅可以引起咳嗽的症状，而且严重的胃食管反流还可以导致反流性的咽炎，病情严重时可以出现喉咙痛这种现象。

此外，咳嗽时喉咙很痛，还有可能是剧烈咳嗽本身导致的，有的时候剧烈咳嗽可以导致咽干、喉咙痛等相关的表现。因此，咳嗽时喉咙很痛，应该详细询问病史，评估病情，可能还需要做血常规等相关的检查来辅助诊断。