大多数的短骨骨干结核疾病是进行非手术治疗，主要是用抗结核药物治疗，比如利福平、异烟肼等，可使用药物化疗治疗，也可局部注射治疗。

在治疗的过程当中还应当使用石膏或者是夹具进行间断的固定，通常为三个月一个疗程。在治疗的过程当中也可辅助使用物理疗法，比如热敷、按摩等。

由于抗结核的药物通常对肝脏会产生一定的影响，应当定期的去医院进行肝脏功能的检查，经过非手术治疗大多数患者都能治愈。病情如果感染比较严重，发现较晚，经过综合评估后可进行手术治疗。