目前对于引发戒烟后会反复口腔溃疡的病因还不明确，但普遍认为与戒烟后口腔黏膜抵抗力变弱、口腔内细菌数量增加以及心理等因素有关。

烟中含有尼古丁、烟焦油、一氧化碳、氰化氢、丙烯醛等有害物质，这些物质不但会导致口腔黏膜变性，形成一层保护屏障，增加黏膜的抵抗能力，而且还可以抑制口腔内细菌的生长繁殖，因此在戒烟后，由于口腔黏膜失去保护屏障以及口腔内细菌大量增加，就会容易导致口腔溃疡的反复发生。

另外，口腔溃疡的发生还可能与心理上的变化以及情绪过于焦虑等因素有关。