勃起时间长了小肚子疼，多考虑可能是由于性冲动的强烈刺激，导致男性的睾丸、精囊、前列腺等性器官过度充血。而且腹部的血管以及盆腔当中的盆壁、血管都会明显充血，勃起的时间过长，上述器官的充血时间就会延长，进而容易引起小肚子疼痛。

也可能是由于阴茎勃起时，阴茎局部的血管、阴茎周围组织的血管，以及小腹部的肌肉等组织。都会过度紧张、痉挛，伴随勃起时间的延长，小腹部肌肉的紧张、痉挛时间也会延长，就会引起小肚子疼痛。

此外，如果本身患有前列腺增生、前列腺炎疾病，当病人勃起时间较长时，导致前列腺过度淤血，也会造成小肚子疼痛。