基底凹陷症唯一的治疗方法是手术，手术可解除对延髓、小脑及颈髓的压迫，重建脑脊液循环通路，加固不稳定的枕骨脊椎关节。

基底凹陷症又叫做颅底凹陷症，是指以枕骨大孔周围的颅骨向内进入颅腔，其下方的寰枢椎升高进入颅底，而引起的疾病。本病多于青少年期发作，是一种先天性疾病。

根据X线及MRI显示畸形，如果患者无明显的临床症状或者症状轻微者，可观察随访。如果患者临床症状明显且进行性加重、存在脑脊液循环受阻、颅内压升高或合并寰枢椎脱位，应积极行手术治疗。