新生儿食道闭锁并发症主要有以下几种：

1.食道功能障碍。对于长时间存在食道闭锁的孩子来说，因为得不到积极有效的治疗，就会诱发食道功能障碍问题的出现，影响到孩子的营养摄入造成发育迟缓。

2.呼吸衰竭。针对食道闭锁患者来说在饮食上如果长期不合理，就会出现吸入性障碍问题，严重的还会出现呼吸衰竭现象。

对于新生儿食道闭锁问题，一般是采用药物或者是手术方式进行治疗，大部分患者在治疗后都还是能够获得比较不错的预后效果。