日本血吸虫在诊断之后，主要是通过口服吡喹酮来进行治疗。吡喹酮对于日本血吸虫的各个发育阶段都有一定的杀灭效果，尤其对于成虫的效果最好，对于含有毛蚴的虫卵以及对于尾蚴，也有一定的杀灭效果。

需要根据体重计算用量：

第一、如果是急性血吸虫病，每公斤体重需要120毫克，大于60千克的按60千克计算，也就是说总量最多是7.2克，需要分6天服完，其中50%需要在前两天服完。

第二、对于慢性血吸虫病，成人是按照每公斤体重60毫克来进行计算总量的，两天内分4次服完，儿童低于30千克的，可以按照每公斤70毫克来计算用量。晚期血吸虫病按照40到60毫克每千克来计算总量，分两天服完，可以每天服用2到3次。

第三、年老体弱的，可以按照60毫克每千克体重计算，分3天内服完。感染比较严重的，也可以将总量上升到每千克90毫克，需要分6天服完。对于接触了还有血吸虫的疫水还没有发病的人，可以服用蒿甲醚或者是青蒿琥酯来杀灭血吸虫的幼虫。