凌晨醒来腹胀、肚子咕咕叫，可能是消化不良、肠炎、胃炎引起的：

1.凌晨醒来腹部胀气、肠鸣音亢进，主要考虑与消化不良有关。消化不良的患者食物摄入后，会有上腹部不适的症状，还会伴有嗳气、早饱、恶心、呕吐、烧心、餐后饱胀感、腹部胀气等表现。食物在胃肠道内囤积产生大量气体，导致腹部胀气。肠道内的食物、水和气体流动时会发出声音，导致肚子咕咕叫。

2.肚子咕咕叫也可考虑与肠炎有关。肠道的黏膜出现急慢性炎症，导致肠蠕动加快，也会有腹部胀气、肚子咕咕叫的症状。

3.排除以上因素，考虑与慢性胃部疾病，比如胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡等疾病有关。消化系统疾病导致胃肠功能紊乱，患者也会出现腹部胀气、肠鸣音亢进的症状。