眼睛被真菌感染后，要及时进行抗真菌药物治疗，必要时可以全身应用抗生素类药物治疗。临床上眼睛真菌感染的情况比较少见，真菌感染也是最难进行控制的一种感染。

发现真菌感染后要尽快进行治疗，要把炎症控制在有效范围内，尽量不让炎症出现扩散。如果要是导致角膜出现溃疡，或者对角膜的伤害比较大，药物治疗的效果可能就会比较差，严重时就需要进行手术治疗。

还可以使用无菌的生理盐水对眼睛进行适当冲洗，还要适量多饮温开水，促进身体的新陈代谢，也有可能有效将体内的毒素排出体外。眼部不要受力，不要触摸。