连花清瘟颗粒是一种可以清热祛瘟的中成药，本品的副作用并不多见。有个别患者因个体差异，在服用本品后可偶见胃肠道的不适症状，比如胃凉、腹胀或腹泻等。但一般症状比较轻微，而且大多在停药后就能恢复。

还有极少数患者会因对本药物的一些成分过敏，也可出现药物过敏反应，如荨麻疹、皮肤瘙痒、丘疹等。如果有这类不良症状表现的患者，一定要及时去医院就诊。

服用本药物需要患者严格遵医嘱用药，同时要忌烟酒，忌辛辣、生冷食物。患者还需注意，服药期间不能服用一些有滋补性的中药，比如人参、鹿茸、当归、黄芪等。