半夜经常喉咙发痒、咳嗽一般是由于局部支气管分泌物沉积导致。在睡眠中支气管分泌的一些分泌物一般会沉积在支气管黏膜处，随着分泌物的增多可能会流至咽喉部位，对局部黏膜产生刺激作用而导致咳嗽和喉咙发痒的症状。

而在胃食管反流发生时也会出现类似的症状，这时一般是由于胃液反流进入咽喉产生刺激而出现症状。半夜经常咳嗽、喉咙发痒还可能是由于慢性咽炎导致，这时咽部的分泌物会持续刺激局部组织产生症状。

出现这种情况后，可以适量饮用清水来缓解症状，对于相应的疾病要进行针对性的治疗。