一般来讲，以目前的医疗条件做肠镜是不会感染传染病的。肠镜镜头虽然不是一次性使用镜头，但是每一名患者使用后均会对镜子进行消毒。

目前肠镜消毒多使用器械消毒，可以杀灭乙肝、丙肝、梅毒、艾滋病等血源性传染性疾病的病原体。所以当进行胃镜、肠镜、喉镜、肛门镜等一系列侵入性医疗操作时，如果选择正规的医疗机构，是不会造成传染病传播的。

在医院预约肠镜时，需要患者出具传染病的化验检测。对于患有传染病的患者，医生会安排专门的器械检测，或在每一组检测的最后几位进行检查，防止造成交叉感染。