脸上长满了扁平疣，可以选择使用物理治疗手段，或者外用药膏进行治疗。

选择物理治疗手段，主要用二氧化碳激光将扁平疣直接气化，达到去除疣体的目的，然后在局部涂抹重组人干扰素凝胶，防止复发。而单纯选择外用药膏治疗时，建议涂抹抗HPV生物蛋白敷料，能够通过药物破坏病毒的蛋白，从而使脸部的扁平疣逐渐消退，使脸部恢复光滑的形态，使传染性消失。

但是，需要注意，扁平疣有可能会复发。所以，有时可能需要多次治疗，才能达到理想效果。