双侧附睾囊肿的治疗需要根据囊肿经线测值、伴随症状以及婚育史制定。

体检发现双侧附睾小囊肿，无任何压迫刺激症状，可不用做任何治疗，避免长时间穿紧身裤，定期阴囊彩超随访、监测检查即可。附睾囊肿测值较大，对睾丸以及阴囊内组织压迫，导致坠胀疼痛不适感觉，并且已婚已孕育有孩子，可考虑附睾囊肿手术切除处理。

未婚无子女的情况下，双侧附睾囊肿首选保守方式治疗。由于附睾囊肿手术操作过程中可能破坏附睾管，对生育造成一定影响。