甲状腺炎的性质不一样，所用的药物是不一样的，包括抗生素、非甾体类的解热镇痛药、肾上腺皮质激素、左甲状腺激素。

甲状腺炎一般分成急性甲状腺炎，都是由细菌感染所导致，多用青霉素类的抗生素。而亚急性甲状腺炎是由病毒感染所导致，如果患者疼痛、发烧明显，可以用一些非甾体类的止痛药，包括布洛芬以及双氯芬酸钠。

桥本氏甲状腺炎是由于淋巴细胞浸润甲状腺组织，导致甲状腺激素合成的分泌减少，发生甲状腺功能减退症，这时需要用左甲状腺激素替代治疗，一般是从小剂量开始，逐渐加至能够完全替代的剂量，根据患者的心功能情况来决定。用药以后及时检查甲状腺激素的水平，避免发生药物性甲亢。