孩子发烧两天反复烧到39℃，应当及时就医进行血常规检测，明确是否存在病毒或者细菌感染。

在此期间，如果小儿反复烧到39℃，应当给小儿使用退烧药物，比如布洛芬混悬液，一定要严格把握好用药量以及两次用药的间隔时间。如果存在病毒感染，应给小儿使用抗病毒药物进行治疗，当存在细菌感染时，应使用抗生素类药物控制感染。

在治疗的过程当中也要做好日常的护理，经常给小儿喝温开水，加强小儿身体保暖，不要让小儿剧烈运动，保持室内空气流通。