新生儿巩膜黄染有可能是生理性黄疸程度比较重，超过了正常范围，也有可能是病理性的黄疸。由于新生儿期大量的红细胞破坏，血液中的胆红素水平迅速升高，如果同时伴有缺氧或者开奶延迟等因素，增加了胆红素的肠肝循环，可能会出现皮肤黏膜巩膜的黄染。

少部分患儿有原发性的疾病乙型肝炎、宫内感染巨细胞病毒或者风疹病毒、甲状腺功能低下或者服用一些药物，比如磺胺类、头孢类抗生素，都有可能影响到胆红素的代谢，导致黄疸程度加重。

先天性胆道闭锁或者胆总管的囊肿都可以导致胆管阻塞，影响胆红素的排泄，造成阻塞性黄疸，导致孩子黄疸程度加重，巩膜黄染。