藿香正气水能用于治疗感冒鼻塞，但是这种药物只适用于因风寒感冒所引起的头晕、头痛、鼻塞等这类症状的治疗。同时还要明确是否由于风寒感冒引起的腹脘不适，湿滞内伤等这类症状，这属于本药物的适应证。

如果是其他感冒类型，比如风热感冒所导致的流黄涕、鼻塞症状，不适合服用本药物治疗，因为藿香正气水有辛温散寒的作用。对这类感冒所引起的鼻塞、流涕、发热、头疼症状，应使用辛凉疏风解表的药物治疗，比如维C银翘片、连花清瘟胶囊等药物。